С момента образования ОАО «Аэрофлот-Дон» в 2000 году авиакомпания эксплуатировала пять «Ту-134» на внутренних и международных авиалиниях. До 2006 года «Аэрофлот-Дон» треть своих пассажиров перевозил на самолетах «Ту-134».

Полеты на самолетах данного типа постепенно сокращались из-за вводимых в европейских странах ограничениях по шуму, и с 1 января 2006 года окончательно прекратились полеты «маленьких Тушек» в аэропорты Европы.

С 2000 года общий налет часов на самолетах «Ту-134» в авиакомпании «Аэрофлот-Дон» составил 37 470 часов, за это время было перевезено 872,6 тыс пассажиров. Наибольший налет часов на «Ту-134» был в 2001 году — 6107 часов, а наибольшее количество пассажиров на них перевезли в 2002 году — 129,3 тыс пассажиров.

Летный состав эскадрильи «Ту-134» и авиационно-технический персонал, обслуживающий «маленькие Тушки», будут переучены на другие типы воздушных судов авиакомпании «Аэрофлот-Дон».

После вывода из эксплуатации «Ту-134» в авиакомпании «Аэрофлот-Дон» остаются отечественные самолеты двух типов: четыре «Ту-154М» (базируются в Ростове-на-Дону) и четыре «ИЛ-86» (базируются в Москве, Филиал «Шереметьево»).