1 ст. 169 НК РФ счет-фактура может быть составлен на бумажном носителе или в электронном виде. Обязанность налогоплательщиков хранить указанные счета-фактуры (в том числе корректировочные и исправленные) предусмотрена п. 14 Правил ведения журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур (утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137). Согласно этому пункту продавцы и покупатели должны хранить счета-фактуры в хронологическом порядке по мере их выставления или получения за соответствующий налоговый период. При этом электронные счета-фактуры должны храниться вместе с подтверждениями оператора электронного документооборота и извещениями покупателей о получении. Также необходимость хранить электронные счета-фактуры предусмотрена в п. 1.13 Порядка выставления и получения счетов-фактур в электронном виде (утв. приказом Минфина России от 25.04.2011 № 50н). Этим пунктом установлено, что счета-фактуры, подписанные электронной цифровой подписью, должны храниться вместе с сертификатом ключа подписи, применявшимся для ее формирования.

Таким образом, электронные счета-фактуры следует хранить в электронном виде без распечатки их на бумаге.